自动核酸蛋白质分离层析仪主要包括下面几个部分：这里以MA99-2A 标准配置六件套为例。
1、HD-2核酸蛋白检测仪：主要是用于液相色谱中具有紫外吸收的物质，在柱层分析过程中，样品液会流过检测器中的样品池，通过记录仪，可以记录绘制出样品的分离图谱，同时可检测出所需样品在不分收集管中的分布情况，在柱层析的过程中，起着重要的监测作用。
2、XWT-S台式记录仪 ：是用来快速测量和记录直流电压信号的电子电位差计，具有七种可变换量程。记录纸驱动速度共有21档，可分别由内接、外接脉冲信号控制走纸速度，实现同步记录的功能。
3、BS-100A自动部份收集器 ：本仪器能自动分量收集层析液，从而代替手工操作，提高工作效率。它的主要参数是：100支，每支大容量：12ml，定时收集范围：1秒—99分59秒，任意选择断电数据保存功能，保存时间：十年。
4、HL-2恒流泵：HL-2恒 流泵是一种可定量加液或抽液的仪器设备，它具有输送流量稳定，连续可调，输送物质不与外界接触，可防止污染及体积小、重量轻、性能可靠等优点。因此，它广 泛应用于厂矿企业，大专院校，医院及科研单位，并将成为生产和科研活动中必不可少的仪器设备之一，凡是需要微量，定量输液或抽液的场合均可使用。本仪器不 宜输送有机溶剂和强酸强碱溶剂！
5、TH-500梯度混合器：梯度混合器（梯度混合仪）TH-500是一种使溶液的组份按设定的方式逐步变化的装置，可用来控制溶液中某个组份的溶度变化或酸度变化，在化学分析，分离纯化各种有机物和天然物方面具有广泛的用途。
6、 层析柱：一般都有Φ1.0×40，Φ1.6×50，Φ2.5×60各一支，层析柱的尺寸根据被分离物的量来确定，其直径与高度之比则根据被分离混合物的分离难易而定，一般在1∶8到1∶50之 间。柱身细长，分离效果好，但可分离的量小，且分离所需时间长；柱身短粗，分离效果较差，但一次可以分离较多的样品，且所需时间短。如果待分离物各组分较 难分离，宜选用细长的柱子，如果要处理大量的较易分离的或对分离纯度要求较低的混合物，则可选用粗而短的柱子。常使用的层析柱，直径与长度之比在1∶8 到1∶15 之间。
