首先要考虑，他们分子结构不同,激发光谱和发射光谱也不同,选择荧光染料时，必须依据流式细胞仪所配备的激光光源的发射光波长做为重点考虑。发射光波长，如：
氩离子气体激光管,它的发射光波488ηm；
氦氖离子气体激光管发射光波长633ηm；
488ηm激光光源常用的荧光染料有FITC（异硫氰酸荧光素），PE（藻红蛋白），PI（碘化丙啶），CY5（化青素），/p/CP(叶绿素蛋白)，ECD(藻红蛋白-得克萨斯红)等。
激发光和发射光波长，如下：
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激发光波长（ηm）
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发射光峰值（ηm）
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FITC
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488
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525（绿）
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PE
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488
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575（橙红）
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PI
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488
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630（橙红）
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ECD
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488
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610（红）
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CY5
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488
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675（深红）
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PreCP
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488
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675（深红）
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